最初から自分の（した設定の）せいだろうなーとは思っていたのですが、やっぱりそうだったとわかったのでLOOX Pの名誉のためにも原因を書いておきます。
Ctrl+Alt+DelキーについてはCtrlとCaps Lockキーの入れ替えが原因でした。入れ替えではなくCaps LockをCtrlにするだけにしたところCtrl+Alt+Delキーは動作しています。
輝度コントロールのキーは動かなかったのですが、ESCと半角/全角キーの入れ替えが悪いのでしょうか。こちらはFn+FnのFujitsu Menu呼び出しが不要なので、そこにその機能を割り当てることで暫定的に解決しました。
